Kesultanan Riau mempunyai pembahagian kuasa yang luar biasa di hatinya. Baginda yang merupakan seorang Melayu, bertindak sebagai Ketua Negara manakala Dipertuan Muda/Yamtuan Muda (timbalan pemerintah atau Viceroy), jawatan yang dipegang oleh pemerintah elit Bugis, berkhidmat sebagai Ketua Kerajaan. (Berikutan pemisahan Johor-Riau, kedudukan Yang Dipertuan Muda hanya dikekalkan dalam Kesultanan Riau-Lingga dan bukan di Johor). Istana diraja sultan terletak di Penyengat, Inderasakti dan Yang Dipertuan Muda menetap di Daik, Lingga. Baginda dominan di Lingga dan kebergantungannya, manakala Bugis Yang Dipertuan Muda menguasai Riau (terdiri daripada Bintan, Penyengat dan pulau-pulau sekitarnya), dengan masing-masing tidak mempunyai tuntutan ke atas hasil yang lain. Sfera kawalan ini hanya akan mula terhakis pada zaman Yang Dipertuan Muda Yusuf Ahmadi.

Riau kemudiannya menjadi jantung pengaruh politik Bugis di barat Alam Melayu. Walau bagaimanapun, pembahagian kuasa antara orang Melayu dan Bugis tidak dipenuhi tanpa sebarang pertikaian besar antara kedua-dua rumah tersebut.

Adat

Onderkoning Van Riau (Belanda: Naib Canselor Riau) yang ditulis oleh mohor (meterai diraja) Yang Dipertuan Muda Abdullah, Yang Dipertuan Muda dari Riau Lingga (1857-1858). Dalam gabungan tulisan Arab-Melayu dalam tulisan Jawi meterai itu juga menanggung tulisan Al Watik Baladun Al Aziz Al Ghaffar Sultan Alauddin Syah Ibni Al Marhum Raja Jaafar 1273-Hijrah (lit: gabenor yang dipercayai, yang berkuasa, pelindung, Sultan Alauddin Syah Ibni Al Marhum Raja Jaafar, Tahun 1273 H (1856 M)

Adat istiadat menyeru pemisahan kuasa dan ikrar kesetiaan yang dipanggil Persetiaan Sungai Baru (Sumpah Sungai Baru) mengangkat sumpah antara orang Bugis dan orang Melayu serta diperbaharui selama lima kali antara 1722-1858. Di bawah adat itu, hanya orang Melayu sahaja yang boleh menjadi Sultan dan kedudukan Yang Dipertuan Muda dikhaskan semata-mata kepada orang Bugis.

Sistem tradisi dikekalkan sehingga pelantikan Sultan Abdul Rahman II Muazzam Shah sultan terakhir Riau-Lingga. Ayahanda baginda, Raja Muhammad Yusuf adalah seorang bangsawan Bugis dan Yang Di-Pertuan Muda Riau ke-10 dan yang terakhir. Baginda telah berkahwin dengan Tengku Fatimah, anak perempuan Sultan Mahmud IV Muzaffar Shah dan satu-satunya anggota penuh berdarah diraja Melayu.

Pada 17 September 1883, di bangunkan kematian Sultan Sulaiman II Badrul Alam Shah, elit-elit Bugis-Melayu mengundi Tengku Fatimah sebagai penggantinya, menjadikan beliau sebagai ratu sulungnya dalam sejarah empayar sejak zaman Melaka. Hampir sebulan kemudian, pada 13 Oktober, satu lagi perhimpunan telah diadakan, dan pada kesempatan ini Abdul Rahman II, dinobatkan sebagai sultan baru selepas Tengku Fatimah secara sukarela turun takhta memihak kepada anaknya.

Luar biasa, kerana keturunannya,Sultan Abdul Rahman II adalah sultan pertama sejajar dengan pewarisan jawatan Yang Dipertuan Muda juga. Tahun 1895 adalah kali terakhir ikrar kesetiaan mengangkat sumpah, dalam keadaan ini antara sultan dan ayahanda baginda, Yang Dipertuan Muda yang terakhir. Bapanya kemudiannya melepaskan jawatannya sebagai Yang Dipertuan Muda dan selepas itu kedua-dua peranan itu digabungkan, melambangkan perpaduan antara orang Bugis dan dinasti Melayu.

Ikrar kesetiaan adalah seperti berikut:

Skrip Jawi	Skrip Rumi
...جكالاو توان كڤد بوڬيس توانله كڤد ملايو دان جكالاو توان كڤد ملايو توانله كڤد بوڬيس دان جكالاو موسوه كڤد بوڬيس موسوهله كڤد ملايو دان جكالاو موسوه كڤد ملايو موسوهله كڤد بوڬيس مك بارڠسياڤا موڠكير دبينساكن الله سمڤأي انق چوچوڽ..."‎	...jikalau tuan kepada Bugis, tuanlah kepada Melayu dan jikalau tuan kepada Melayu tuanlah kepada Bugis dan jikalau musuh kepada Bugis musuhlah kepada Melayu dan jikalau musuh kepada Melayu musuhlah kepada Bugis maka barangsiapa mungkir dibinasakan Allah sampai anak cucunya...

Residen Belanda bersama Sultan Abdul Rahman Al-Muazzam Shah II. (1890-1910)

Wizurai Riau mendakwa mengesan nenek moyang mereka dari Rumah DiRaja Bugis di Luwu, Celebes. Keunggulan Bugis di rantau ini bermula semasa pemerintahan Abdu'l-Jalil Rahmat dari Johor-Riau, semasa tempoh pergolakan Sultan dibunuh oleh Raja Kecil yang mendakwa bahawa baginda adalah anak kepada Sultan Mahmud. Baginda kemudiannya berkasih sebagai Sultan Johor lama. Kematian Abdul Jalil disaksikan oleh anaknya, Sulaiman dari Johor-Riau, yang kemudiannya meminta bantuan daripada orang Bugis Klang untuk memerangi Raja Kecil dan tenteranya. Pakatan yang terbentuk antara Sulaiman dan Bugis berjaya menewaskan Raja Kecil dari takhtanya. [2]

Sebagai penempatan bagi hutang kehormatan oleh Sulaiman johor-Riau pada tahun 1772, sebuah kerajaan bersama telah distrukturkan antara pendapatan Bugis dan orang Melayu asli dan beberapa perkahwinan politik telah dibentuk antara kedua-dua dinasti tersebut. Penghulu Bugis itu digantikan dengan gelaran Yang di-Pertuan Muda/Yamtuan Muda (timbalan pemerintah atau Naib Juara) dan Raja Tua (putera utama), menerima kerusi kedua dan ketiga paling utama dalam kesultanan. Walaupun gelaran terakhir menjadi usang, kedudukan Yang Dipertuan Muda dikuasai sehingga reformasi yang menggabungkan kedaulatan dua buah rumah Diraja pada tahun 1899. [petikan diperlukan]

Yang Dipertuan Muda memiliki kuasa prerogatif de facto melebihi sultan sendiri. Walaupun fungsinya di bawah undang-undang adalah kedua tertinggi di pejabat, namun dalam amalan dia boleh terlebih memerintah sultan. Ini amat terbukti semasa pemerintahan Sultan Abdul Rahman II apabila Yang Dipertuan Muda Raja Jaafar dilihat dominan apabila baginda bertindak sebagai pemangku raja kesultanan. Yang Dipertuan Muda Raja Jaafar bertanggungjawab untuk mahkota Abdul Rahman dan sangat berpengaruh semasa rundingan dengan kuasa Belanda dan Inggeris semasa pertikaian pewarisan antara Tengku Hussein dan Tengku Abdul Rahman.